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B Korber, WM Fischer, S Gnanakaran, H Yoon, J Theiler, W Abfalterer, B Foley, EE Giorgi, T Bhattacharya, MD Parker, DG Partridge, CM Evans, TM Freeman, TI de Silva, 代表谢菲尔德COVID-19基因组学组,CC LaBranche, DC Montefiori, "尖峰突变管道揭示了SARS-CoV-2的一种更具传播性的形式的出现",bioRxiv 2020.04.29.069054; doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.29.069054 - 这篇文章是预印本,没有经过同行评审认证 - 它在方法论上受到批评:见,通过twitter的批评评论 - 这是非常非正统的 - Alan Boyle,"对冠状病毒进化的研究在社交媒体上激起了科学家的争议", 纪元网, 2020年5月5日
第二个因素是对感染和死亡的容忍程度,从新西兰、澳大利亚、泰国或奥地利的近乎零容忍到许多欧洲国家,如西班牙、意大利、法国或英国对风险的接受程度要高很多。然而,英国政府受到了攻击,特别是考虑到锁定国家的后期决定和在生命方面付出的高昂代价(例如Jasmina Panovska-Griffiths,"冠状病毒:英国死亡人数如此之高的五个原因“, The Conversation,2020年6月10日)。
同时,在另一项针对16名症状较轻的中国患者的小型研究中,科学家们发现 "症状的平均持续时间估计为8天(四分位数范围,6.25-11.5)。最重要的是,一半的病人(16人中的8人)甚至在症状缓解后仍然保持病毒阳性(一种替代性的脱落标志)(中位数,2.5天;范围,1-8天)(Chang等人,"新型冠状病毒感染的病毒清除和症状缓解的时间动力学研究“, Am J Resp Crit Care Med ,2020年5月1日)。 因此,在最坏的情况下,症状轻微的病人可能会保持长达11,5天加8天的传染性,即19,5天。
症状出现后的第5天之前,传染性达到峰值,然后在第一周内轻度患者的传染性下降(Wölfel, R. 等人。, "患有COVID-2019的住院患者的病毒学评估“, 自然界,2020年4月1日)。如果有肺部感染,那么10至11天左右达到高峰。
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在我们的案例中,事后看来,由于在系统发育方面所做的令人难以置信的快速和大量的研究,我们可以估计SARS-CoV-2是在2019年10月6日至2019年12月11日之间诞生的--即它跳到了人类身上(表1,Lucy van Dorp等人"SARS-CoV-2的基因组多样性和复发性突变的出现“, 感染、遗传学和进化,2020年5月5日)。
然而,就西班牙而言,病毒的引入可能发生在2020年2月14日至18日之间(同上)。这比Lucy van Dorp等人对他们所研究的国家提出的时间框架要晚得多(同上),考虑到病毒所走的路线,这是符合逻辑的。
法国:可能在2019年11月底至2019年12月23日之间开始病毒性循环
就法国而言,现在已经回顾性地发现了一个新的早期COVID-19病例。该患者在出现症状四天后于2020年12月27日入院(Deslandes等人,"2019年12月底,SARS-COV-2已经在法国蔓延开来“, 国际抗菌剂杂志》(International Journal of Antimicrobial Agents,2020年5月3日)。
该患者没有到中国的旅行史,很可能是在2020年12月23日,即症状出现的日期之前感染了SARS-CoV-2。如果我们考虑到可能的潜伏期,那么这名患者可能是在11月26或27日(27天)和2019年12月21日(1,8天)之间被感染的(关于潜伏期,Stephen A. Lauer, MS, PhD等人,"从公开报告的确诊病例看2019年冠状病毒疾病(COVID-19)的潜伏期。估算和应用“, 内科杂志》(Annals of Internal Medicine,2020年5月5日)。在12月7日(15.6天)和2019年12月21日(1,8天)之间被感染的可能性较大(同上)。
在意大利,一项侧重于伦巴第早期爆发的三个病人的研究,即2020年2月21日报告的16个病例群,估计 "SARS-CoV-2病毒在2020年1月下半月和2月初之间进入意大利北部"(Zehender G, Lai A, Bergna A, et al.意大利SARS-COV-2的基因组特征和系统遗传分析“, J Med Virol,2020年3月29日)。
Deslandes, A., V Berti, Y Tandjaoui-Lambotte MD, Chakib Alloui MD, E Carbonnelle MD, PhD, JR Zahar MD, PhD, S Brichler MD, PhD, Yves Cohen MD, PhD, "2019年12月底,SARS-COV-2已经在法国蔓延开来“, International Journal of AntimicrobialAgents, 3 May 2020, doi: https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106006
Díez-Fuertes, Francisco, María Iglesias Caballero, Sara Monzón, Pilar Jiménez, Sarai Varona, Isabel Cuesta, Ángel Zaballos, Michael M Thomson, Mercedes Jiménez, Javier García Pérez, Francisco Pozo, Mayte Pérez-Olmeda, José Alcamí, Inmaculada Casas, "SARS-CoV-2在西班牙传播的系统动力学特征", bioRxiv 2020.04.20.050039; doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.20.050039.
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Stefanelli Paola, Faggioni Giovanni, Lo Presti Alessandra, Fiore Stefano, Marchi Antonella, Benedetti Eleonora, Fabiani Concetta, Anselmo Anna, Ciammaruconi Andrea, Fortunato Antonella, De Santis Riccardo, Fillo Silvia, Capobianchi Maria Rosaria, Gismondo Maria Rita, Ciervo Alessandra, Rezza Giovanni, Castrucci Maria Rita, Lista Florigio, 代表ISS COVID-19研究小组。"2020年1月和2月在意大利分离出的两株SARS-CoV-2的全基因组和系统发育分析:关于多次引入和在欧洲进一步流通的额外线索“. 欧洲调查公司.2020;25(13): pii=2000305. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.13.2000305
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特色图片。加州库珀蒂诺,2020年4月10日,周五上午9-30点,通勤Travis Wise/摄 CC BY 2.0
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