Dans cet article, nous explorons la façon dont la pandémie COVID-19 est née et, cachée, s'est répandue dans le monde entier. En tirant les leçons de ce processus très précoce, nous déduisons les premiers éléments et indicateurs clés pour surveiller et contrôler la deuxième vague de COVID-19 et les récurrentes.
Avec cette série d'articles, nous cherchons des moyens de mieux estimer la probabilité d'une deuxième vague COVID-19 et de vagues récurrentes, ainsi que le moment et l'intensité de ces vagues. Ce sont des éléments cruciaux pour éclairer l'élaboration de scénarios, les processus d'alerte précoce, ainsi que la conception et le pilotage des politiques.
PrécédemmentNous avons examiné les modèles épidémiologiques, qui nous ont indiqué qu'une deuxième vague, suivie d'autres, était le scénario le plus probable. Cependant, nous avons également constaté que ces modèles ne correspondaient pas exactement à ce qui se passait en Asie de l'Est, en termes de calendrier de l'augmentation exponentielle des cas et du nombre de lits d'USI nécessaires. Les modèles divergeaient également en ce qui concerne la gravité de la deuxième vague.
Nous devons donc trouver d'autres facteurs influençant le début éventuel de la deuxième vague, sa vitesse et sa létalité. Nous avons également besoin d'un système qui sera capable de gérer les vagues récurrentes, le cas échéant.
Une fois que nous aurons une meilleure compréhension de la manière dont la situation sanitaire peut évoluer, nous pourrons également construire une prévision politique et géopolitique plus large. Notez que nous nous intéressons aux dynamiques fondamentales de la politique et de la sécurité, comme nous l'avons expliqué dans le document "Qu'est-ce que le risque politique ?“.
Ici, nous nous concentrons sur la façon dont la pandémie COVID-19 a débuté et sur son développement très précoce dans le monde entier. Le fait d'envisager une situation de manière prospective, même en utilisant le recul, apporte souvent une nouvelle perspective sur notre compréhension des dynamiques et des processus sous-jacents. Nous appliquons cette approche ici, en nous appuyant sur les recherches et les résultats de l'épidémiologie génomique et de la phylogénétique. Nous nous penchons d'abord sur la naissance du virus, sa date et son origine zoonotique et en déduisons un premier indicateur à surveiller. Ensuite, nous nous intéressons à la manière dont le virus s'est propagé, sans être remarqué, dans les cas du Royaume-Uni, des États-Unis, de l'Islande, de l'Australie, de l'Italie, de la France et de l'Espagne. Enfin, nous insistons sur une leçon majeure qu'il faut tirer : les voyages sont des vecteurs de choix pour la pandémie. Nous mettons en évidence un indicateur correspondant. Nous soulignons également les calendriers très différents pour la propagation précoce du virus.
Un nouveau virus est né
Date de naissance
Lorsqu'un nouveau virus émerge et provoque une maladie, comme c'est le cas du SRAS-CoV-2 et du COVID-19, il peut le faire sans être détecté pour la raison même qu'il est nouveau. Comme il s'agit d'une nouveauté, nous, les êtres humains, ne la recherchons pas. Nous devrions certainement mettre en place de nouveaux systèmes d'alerte pour ne pas être pris par surprise, mais c'est un autre sujet.
Dans notre cas, avec le recul et grâce aux recherches incroyablement rapides et nombreuses effectuées en phylogénétique, on peut estimer que le SRAS-CoV-2 est né - c'est-à-dire qu'il a sauté sur l'homme - entre le 6 octobre 2019 et le 11 décembre 2019 (Tableau 1, Lucy van Dorp et al. "Émergence de la diversité génomique et des mutations récurrentes dans le SARS-CoV-2“, Infection, génétique et évolution5 mai 2020).
Nota : Phylogénétique est l'étude des relations évolutives entre les entités biologiques (plateforme de formation EMBL-EBI). “A phylogénieL'arbre, également connu sous le nom d'arbre, est une explication de l'évolution des séquences, de leurs relations généalogiques, et donc de la façon dont elles sont devenues ce qu'elles sont aujourd'hui" (Ibid.). Vous pouvez trouver ici autres définitions pour la phylogénie et la phylogénétique.
Ainsi, nous utilisons ici la recherche qui établit la généalogie du SRAS-CoV2. Des captures d'écran de la phylogénie du SRAS-CoV-2 à différentes dates sont présentées ci-dessous.
Origine zoonotique
Le SARS-CoV-2 appartient au genre β-coronavirus de la famille des Coronaviridae. La plupart des scientifiques s'accordent à considérer que le virus est très probablement d'origine zoonotique, c'est-à-dire qu'il provient d'un animal. Cependant, nous ne savons pas encore avec certitude quelle est la source zoonotique, même si un coronavirus hébergé par la chauve-souris en fer à cheval présente une identité génétique proche (ibid.). Le SRAS-CoV-2 pourrait être "un virus recombinant entre les coronavirus de chauve-souris et de pangolin" (Jiao-Mei Huang, et al., "Preuve de l'origine recombinante et des mutations en cours du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2)", bioRxiv 2020.03.16.993816).
Indicateur
L'origine zoonotique du SRAS-CoV-2 nous alerte d'une possible contagion supplémentaire entre les espèces, qui devrait être surveillée de près. Nous devons surveiller la contagion d'homme à animal et d'animal à homme.
Par exemple, le 19 mai 2020, le gouvernement néerlandais a envoyé une lettre au parlement soulignant qu'une contagion entre visons et humains était susceptible d'avoir eu lieu dans l'un des quatre élevages de visons infectés aux Pays-Bas (Université et recherche de Wageningen, "COVID-19 détecté dans quatre élevages de visons"(20 mai 2020). Des recherches sont en cours sur le sujet (par exemple Organisation mondiale de la santé animale).
Même si ces infections restent peu nombreuses, elles peuvent néanmoins déclencher des chaînes de contagion et favoriser ainsi les vagues futures. Une attention particulière est nécessaire, comme l'explique l'OMS dans "Réduire la transmission des pathogènes émergents entre l'homme et l'animal“. Les impacts sur la biodiversité ne doivent pas non plus être négligés. En attendant, des impacts importants sur les acteurs concernés sont probables.
Le nouveau virus se propage, sans être remarqué
À la fin de l'automne 2019, nous avons donc un tout nouveau virus qui a infecté une personne, puis une autre et une autre. En tant qu'êtres humains du XXIe siècle, nous commençons à penser que quelque chose ne va pas quand les gens commencent à être malades, avec une maladie qui ne correspond pas exactement à ce que nous connaissons. Si les gens commencent à mourir, nous sommes encore plus attentifs. Plus les gens sont malades ou mourants, plus nous sommes attentifs. Cependant, lorsque nous atteignons ce stade, le nouveau virus peut s'être beaucoup propagé, ou pas, selon ses caractéristiques.
Visualiser la propagation précoce du SRAS-CoV-2
C'est exactement ce qui s'est passé avec le SRAS-CoV-2. Il s'est propagé très tôt. Dans la série des quatre captures d'écran ci-dessous, vous verrez la phylogénie du SRAS-CoV-2 jusqu'au 23 janvier 2020 et la carte de transmission correspondante, puis la même chose jusqu'au 26 mai 2020 (application Épidémiologie génomique des nouveaux coronavirus - Sous-échantillonnage global, maintenu par l'équipe Nextstrain. Activé par les données de GISAID).
Capture d'écran de l'application Épidémiologie génomique des nouveaux coronavirus - Sous-échantillonnage global
Maintenu par l'équipe Nextstrain. Activé par les données de GISAID
Capture d'écran de l'application Épidémiologie génomique des nouveaux coronavirus - Sous-échantillonnage global
Maintenu par l'équipe Nextstrain. Activé par les données de GISAID
En utilisant l'épidémiologie génomique et la phylogénie, la recherche a approfondi la question de la propagation précoce de la pandémie.
Diffusion précoce et points d'entrée multiples au Royaume-Uni, aux États-Unis, en Islande et en Australie
Dans leur étude, Lucy van Dorp et al (Ibid.) ont constaté qu'à l'exception de la Chine et, dans une certaine mesure, de l'Italie - jusqu'à présent - chaque épidémie dans les pays considérés - Royaume-Uni, États-Unis, Islande, Australie - avait été "semée par un grand nombre d'introductions indépendantes du virus". Cela signifie que nous n'avons pas seulement eu un ou deux "patient(s) zéro", pour chacun de ces pays, mais un grand nombre d'entre eux. En outre, les auteurs soulignent que la propagation du virus a eu lieu très tôt. Il aurait été utile que les auteurs précisent davantage le degré de précocité (voir figure S4, dans matériel complémentaire 5(pas assez détaillé pour notre objectif).
"La diversité génomique de la population mondiale du SRAS-CoV-2 qui est recapitulée dans plusieurs pays indique une transmission mondiale étendue de COVID-19, probablement dès le début de la pandémie".
Lucy van Dorp et al.Émergence de la diversité génomique et des mutations récurrentes dans le SARS-CoV-2“, Infection, génétique et évolution5 mai 2020
Espagne : points d'entrée multiples et début possible de la circulation à la mi-février
Une étude phylogénétique similaire pour l'Espagne a également conclu que l'épidémie en Espagne résultait de "multiples introductions du SRAS-CoV-2" (Francisco Díez-Fuertes et al.Phylodynamique de la transmission du SRAS-CoV-2 en Espagne", bioRxiv 2020.04.20.050039).
Certains d'entre eux ont pu être retracés dans d'autres pays européens. Une fois en Espagne, au moins "deux [introductions du SRAS-CoV-2] ont entraîné l'émergence de groupes transmis localement, avec une diffusion ultérieure de l'un d'entre eux dans au moins six autres pays".
Cependant, dans le cas de l'Espagne, les introductions du virus auraient pu avoir lieu entre le 14 et le 18 février 2020 (Ibid.). C'est beaucoup plus tard que le délai suggéré par Lucy van Dorp et al. pour les pays qu'ils ont étudiés (Ibid.), ce qui est logique compte tenu de la route empruntée par le virus.
France : début possible de la circulation virale entre fin novembre 2019 et le 23 décembre 2019
Dans le cas de la France, un nouveau cas précoce de COVID-19 a maintenant été trouvé rétrospectivement. Le patient a été admis à l'hôpital le 27 décembre 2020 après quatre jours de symptômes (Deslandes et al., "Le SRAS-COV-2 se propageait déjà en France fin décembre 2019“, Journal international des agents antimicrobiens3 mai 2020).
Le patient, sans antécédents de voyage en Chine, a très probablement été infecté par le CoV-2 du SRAS avant le 23 décembre 2020, date d'apparition des symptômes. Si l'on considère la durée probable d'incubation, ce patient pourrait avoir été infecté entre le 26 ou 27 novembre (27 jours) et le 21 décembre 2019 (1,8 jours) (pour la période d'incubation, Stephen A. Lauer, MS, PhD et al., "La période d'incubation de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) à partir des cas confirmés publiquement déclarés : Estimation et application“, Annales de la médecine interne5 mai 2020). Il est plus probable qu'il ait été infecté entre le 7 décembre (15,6 jours) et le 21 décembre 2019 (1,8 jours) (Ibid.).
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Si d'autres cas confirment cette étude, alors le virus pourrait avoir commencé à circuler en France bien avant d'être officiellement remarqué le 24 janvier 2020 (Deslandes et al., ibid.), puis avoir explosé de manière exponentielle en mars 2020. Il est cependant impossible de tirer des conclusions immédiates sur la dynamique de l'épidémie à partir de ce seul cas, car, comme le montrent les cas de l'Espagne, du Royaume-Uni, de l'Islande, des États-Unis et de l'Australie, la France connaissait très probablement de multiples points d'entrée pour le virus.
Italie : entrée du virus entre la seconde moitié de janvier et le début de février 2020 en provenance d'Allemagne
En Italie, une étude portant sur trois patients de l'épidémie précoce de Lombardie, un groupe de 16 cas signalés le 21 février 2020, estime que le "virus du SRAS-CoV-2 est entré dans le nord de l'Italie entre la seconde moitié de janvier et le début de février 2020" (Zehender G, Lai A, Bergna A, et al.Caractérisation génomique et analyse phylogénétique du SARS-COV-2 en Italie“, J Med Virol29 mars 2020).
Les cas sont tous liés à la contagion asymptomatique du 24 janvier 2020 en Allemagne lors d'une réunion d'affaires (Ibid.), comme l'ont également constaté Stefanelli et al. ("Analyse du génome entier et analyse phylogénétique de deux souches de SRAS-CoV-2 isolées en Italie ...“. Euro Surveill. 2020;25(13)). Génétiquement, Stefanelli et al. montrent que le clade viral en Lombardie n'est pas directement lié au groupe viral des touristes chinois diagnostiqué à Rome le 29 janvier 2020 (Ibid.).
Enseignements tirés et indicateurs
Les études phylogénétiques par pays que nous avons échantillonnées ici mettent en évidence des points cruciaux dans notre recherche d'indicateurs concernant les vagues COVID-19. Certains de ces points peuvent être évidents ou relever du bon sens, mais à la lumière des décisions politiques prises, il est utile de les souligner à nouveau.
Les voyages sont importants pour la propagation d'une pandémie
Il n'est pas surprenant que les voyages humains, quelle qu'en soit la motivation, soient le moyen par lequel le virus se propage. En fait, le virus s'est répandu au niveau international, grâce à notre mode de vie, très tôt dans la pandémie. En effet, hormis l'Espagne et l'Italie, le virus aurait pu se propager avant que la Chine ne l'identifie ; elle a été confrontée à un nouveau coronavirus le 7 janvier 2020 (OMS premier rapport de situation), et avant que l'OMS ne publie son premier rapport de situation le 21 janvier 2020 (Ibid.).
Le 27 janvier, le L'OMS a conseillé "contre l'application de toute restriction du trafic international sur la base des informations actuellement disponibles sur cet événement" Avec le recul, si l'OMS avait, au contraire, déconseillé les voyages et avait été suivie par tous les pays, alors probablement que certains pays, mais pas tous, auraient évité la pandémie.
Compte tenu, toutefois, de l'importance idéologique et économique accordée au commerce et aux voyages, il était presque impossible pour les autorités politiques, qu'elles soient internationales ou nationales, de décider de fermer toutes les frontières aussi tôt.
En raison de la multiplication des points d'entrée du virus dans les pays si tôt dans le processus de la pandémie, les mesures de restriction des voyages qui étaient initialement uniquement dirigées contre la Chine - le pays où l'épidémie était visible - étaient insuffisantes. Elles ont probablement contribué néanmoins à faire baisser le nombre d'infections. C'est pourquoi le moment de l'augmentation exponentielle des cas de COVID-19 a peut-être été retardé.
Pourtant, il aurait fallu appliquer immédiatement à tous les voyages des mesures de type pandémique, telles que les quarantaines. Bien sûr, parce qu'à l'époque nous n'avions aucune idée du SRAS-CoV-2 et du COVID-19, c'était impossible. La seule alternative aurait donc été de fermer complètement toutes les frontières.
Par conséquent, compte tenu de la multiplication possible de nouvelles maladies à l'avenir, en raison du changement climatique et de la perte de biodiversité, on peut imaginer que les voyages internationaux intensifs gratuits tels que nous les avons connus appartiendront de plus en plus au passé. En supposant que cela soit possible, et au-delà du cadre de la pandémie COVID-19, un système entièrement nouveau intégrant à la fois les voyages et de nouvelles maladies plus fréquentes et plus intenses doit être créé.
COVID-19 : stratégies de sortie et voyages de distanciation sociale : un indicateur de la deuxième vague
En Europe et au Moyen-Orient notamment, nous sommes confrontés à de multiples décisions entre pays pour rouvrir les frontières, d'une manière ou d'une autre, en mai, juin et juillet 2020. En attendant, certains voyages seront autorisés au fur et à mesure de la mise en œuvre de la stratégie de sortie (par exemple, Michelle Baran, "Quand pourrons-nous voyager en Europe ?", AFAR, 14 mai 2020 ; "Coronavirus : Emirates annonce des vols de passagers limités pour le mois de mai", Khaleej Times, 30 avril 2020 ; "Conférence de presse du ministre croate de l'intérieur Davor Božinović: La Croatie veut ouvrir les frontières aux voyageurs d'affaires pour des raisons personnelles et économiques urgentes après la pandémie COVID-19 causée par le SRAS-CoV-2 à partir du 11 mai", Seahelp9 mai 2020, etc.)
Au vu de la propagation initiale de la pandémie, ces décisions de réouverture des frontières et de ré-autorisation des voyages apparaissent très dangereuses si l'on n'est pas certain que des mesures anti-COVID-19 très strictes, prenant en compte tous les paramètres, sont mises en œuvre. Dans l'article suivant, nous identifions ces paramètres : voir Dynamiques de contagion et seconde vague de COVID-19 - dernière partie, le cas de la quarantaine pour les arrivées sur un territoire.
S'il y a des trous dans le réseau de surveillance, le virus se répandra à nouveau. Ainsi, l'évaluation des décisions de réouverture des voyages et des mesures connexes à la lumière de ce que nous savons sur le virus et la maladie qu'il provoque sera un excellent indicateur pour estimer la possibilité et l'intensité de la deuxième vague. Nous devrons évaluer et surveiller cet indicateur non seulement au niveau national, mais aussi éventuellement au niveau des entreprises, selon les types de voyages et les itinéraires.
Un timing encore insaisissable
En ce qui concerne le calendrier, le début précoce de la pandémie pourrait suggérer un délai plus long pour la période allant du début de la contagion à l'apparition des foyers, c'est-à-dire des cas commençant à augmenter de manière exponentielle et qui sont difficiles ou impossibles à contrôler.
Si une tendance identifiable émergeait, nous pourrions l'utiliser pour évaluer grossièrement le début d'une deuxième vague et des vagues récurrentes. En effet, nous pourrions faire une analogie entre le tout début de la COVID-19 et la situation post-départ social, car la plupart du temps, dans le cadre de l'après première vague, nous ne savons pas exactement combien de personnes sont infectées et encore moins qui est infecté. L'évaluation serait cependant grossière, car deux différences entre le début de la première vague et le monde post-première vague opèrent dans des directions opposées. Premièrement, le nombre de personnes infectées est beaucoup plus élevé qu'au tout début de la pandémie, de sorte que le délai que nous obtiendrions devrait être raccourci. D'autre part, nous disposons maintenant de connaissances qui n'existaient pas et utilisons des mesures qui ne pouvaient pas être mises en œuvre au tout début de la pandémie. Cela devrait allonger le délai avant une nouvelle épidémie éventuelle, voire rendre celle-ci impossible.
Pour estimer le temps qui s'est écoulé entre le début de l'infection et le "début de l'épidémie proprement dite", nous utilisons les résultats que nous avons recueillis précédemment, et nous créons le tableau suivant. Nous utilisons le seuil de 50 cas identifiés de COVID-19 pour le "début" de chaque foyer national.
| Date prévue pour les infections précoces | Début de l'"épidémie". | Le temps de l'épidémie | |
| Chine | entre le 6 octobre 2020 et le 1er décembre 2020 | 95 cas le 23 janvier | entre 54 et 109 jours |
| Italie | entre la seconde moitié de janvier et le début de février 2020 | 93 cas le 23 février | entre 23 et 38 jours |
| France | entre le 26 ou 27 novembre (27 jours) et le 21 décembre 2019 | 61 cas le 2 mars | entre 71 et 96 jours |
| Espagne | entre le 14 et le 18 février 2020 | 57 cas le 4 mars | entre 10 et 14 jours |
Malheureusement, nous obtenons de grandes différences entre les pays, ce qui n'est pas très utile pour notre objectif. En outre, nous ne sommes pas sûrs que tous les cas précoces aient été identifiés et comptabilisés dans chaque pays, à l'exception de la Chine. Nous devons donc rechercher d'autres approches et facteurs si nous voulons trouver un moyen utile d'améliorer notre évaluation du moment où une deuxième vague aura lieu.
C'est ce que nous allons faire avec l'article suivant, tout en continuant à identifier des indicateurs utiles concernant la deuxième vague et d'autres vagues éventuelles.
Références bibliographiques détaillées
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Épidémiologie génomique des nouveaux coronavirus - Application : maintenue par l'équipe Nextstrain
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Lauer, Stephen A., MS, PhD ; Kyra H. Grantz, BA ; Qifang Bi, MHS ; Forrest K. Jones, MPH ; Qulu Zheng, MHS ; Hannah R. Meredith, PhD ; Andrew S. Azman, PhD ; Nicholas G. Reich, PhD ; et Justin Lessler, PhD ".La période d'incubation de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) à partir des cas confirmés publiquement déclarés : Estimation et application“, Annales de la médecine interne, Vol. 172 n° 9, 5 mai 2020, https://doi.org/10.7326/M20-0504.
Lucy van Dorp, Mislav Acman, Damien Richard, Liam P. Shaw, Charlotte E. Ford, Louise Ormond, Christopher J.Owen, Juanita Pang, Cedric C.S.Tan, Florencia A.T. Boshier, Arturo Torres Ortiz, François Balloux".Émergence de la diversité génomique et des mutations récurrentes dans le SARS-CoV-2“, Infection, génétique et évolution, disponible en ligne le 5 mai 2020, https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351.
Stefanelli Paola, Faggioni Giovanni, Lo Presti Alessandra, Fiore Stefano, Marchi Antonella, Benedetti Eleonora, Fabiani Concetta, Anselmo Anna, Ciammaruconi Andrea, Fortunato Antonella, De Santis Riccardo, Fillo Silvia, Capobianchi Maria Rosaria, Gismondo Maria Rita, Ciervo Alessandra, Rezza Giovanni, Castrucci Maria Rita, Lista Florigio, au nom du groupe d'étude COVID-19 de l'ISS. “Analyse du génome entier et analyse phylogénétique de deux souches de SRAS-CoV-2 isolées en Italie en janvier et février 2020 : des indices supplémentaires sur les multiples introductions et la poursuite de la circulation en Europe“. Euro Surveill. 2020;25(13): pii=2000305. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.13.2000305
Zehender G, Lai A, Bergna A, et al.Caractérisation génomique et analyse phylogénétique du SARS-COV-2 en Italie“, J Med Virol. 2020;1–4. https://doi.org/10.1002/jmv.25794
Zhong et al.Caractéristiques cliniques de la nouvelle infection à coronavirus de 2019 en Chine", 6 février 2020, medRxiv 2020.02.06.20020974.
Image en vedette : Chauves-souris à queue libre mexicaines sortant de la Bracken Bat Cave - Nota : ces chauves-souris ne sont pas celles considérées jusqu'à présent pour le SRAS-CoV-2 - L'image a été choisie d'un point de vue artistique et esthétique - crédit photo : USFWS/Ann Froschauer / [Public Domain]
Un rapport fascinant. Pouvez-vous expliquer comment les personnes identifiées comme étant atteintes du coronavirus HAD dans le passé ont fait l'objet de tests ? Sur les patients survivants, quels tests ont été effectués pour (a) confirmer la présence des anticorps du virus pour confirmer une infection antérieure et (b) quel test a été utilisé pour obtenir une date approximative de l'infection ? Comment les professionnels de la santé devraient-ils tester leurs propres clients pour obtenir ces informations avec le plus de précision possible ? Seriez-vous en mesure de recommander une personne au Royaume-Uni qui soit en mesure de le faire ?
Merci Nicola. Je me suis appuyé sur divers articles biologiques, épidémiologiques et médicaux pour mon objectif, qui est la politique (dans le sens le plus large du terme) et la sécurité. Si je comprends bien votre question, vous ne me demandez pas d'expliquer ce qu'est un test sérologique ? Si c'est le cas, alors j'ai vu le Telegraph publier récemment un article sur le sujet (https://www.telegraph.co.uk/news/2020/05/26/coronavirus-test-antibody-uk-covid-19-superdrug-buy/).
En fait, je suppose que vos questions portaient sur les articles que j'ai utilisés. Ceux-ci sont basés sur la phylogénétique (c'est un peu comme faire la généalogie du virus). Les scientifiques utilisent des séquences de génomes, qui sont obtenues à partir de patients lorsqu'ils sont testés à l'hôpital je suppose, et qui sont conservées dans une base de données mondiale appelée GISAID. Vous pouvez consulter leur site web qui répondra certainement mieux que moi à vos questions. Et leur candidature sur la transmission du virus dans le monde, et la façon dont il se transforme en termes de génomes est absolument fascinant. C'est tout un domaine scientifique, malheureusement pas le mien. Je fais donc confiance aux scientifiques qui travaillent dans ce domaine, et j'utilise leurs conclusions pour mon objectif. En ce qui concerne la découverte de dates, ils utilisent un système/logiciel spécifique - selon ce que je lis dans une annexe - qui convertit leurs arbres génomiques en quelque chose de daté.
Votre question sur la façon dont les professionnels de la santé devraient tester leurs clients est vraiment très intéressante... existe-t-il un moyen pour les professionnels de la santé d'utiliser plus directement ou pratiquement les résultats obtenus par l'épidémiologie génomique ? C'est vraiment une bonne question... cela pourrait-il aider à l'avenir à mieux traiter les patients - et aussi à créer des mesures plus adaptées pour contenir la pandémie ? Pour y répondre, je pense qu'il faut créer une véritable pluridisciplinarité entre les domaines et les sciences... un de mes rêves ! Qui sait, peut-être qu'une issue constructive de la tragédie de la COID-19 pourrait être de rendre de telles équipes possibles ?
En ce qui concerne votre question sur une personne au Royaume-Uni, je ne la connais pas personnellement, mais le scientifique de contact pour l'un des articles que j'ai utilisés est Lucy van Dorp de la
UCL Genetics Institute, University College London, London WC1E 6BT, UK ... vous pouvez donc essayer de la contacter ?
Merci pour votre commentaire et vos questions très intéressantes !
Dr Lavoix,
J'ai été surpris qu'il n'y ait pas eu d'examen rétrospectif des cas de peste très inhabituels en Chine en novembre 2019, car leur collocation dans le temps avec l'émergence de Covid19 est anormale. Les échantillons de sang des patients pourraient certainement être rapidement réanalysés pour voir s'ils contenaient les anticorps de Covid19. Mes questions sont vraiment les suivantes : ces cas auraient-ils pu être mal diagnostiqués ? Ces cas auraient-ils pu contenir à la fois la peste et le Covid19 ? La recherche des contacts de ces cas a-t-elle révélé des chemins qui ont mené à Wuhan ?
Cher "Anonyme",
Merci pour vos commentaires et vos questions. Désolé, mais je n'ai pas la réponse à vos questions. Peut-être que quelqu'un fait cette recherche ou l'a déjà fait, mais comme elle n'était pas directement liée à ma question de recherche (l'analyse de la phylogénie était suffisante pour mon objectif), je n'ai pas cherché en détail la littérature sur cette question spécifique. Je vais cependant la garder à l'esprit et si je trouve quelque chose, je vous le ferai savoir.
Merci pour votre réponse. Plus récemment, je suis tombé sur un article qui décrit plus en détail l'objet de mes questions : https://www.telegraphindia.com/india/coronavirus-pandemic-questions-over-wuhan-origin-december-date/cid/1774077
Pourtant, il semble que les journalistes ou les agences gouvernementales devraient faire pression sur la Chine pour obtenir des preuves concrètes de ces affaires. Si les soupçons sont valables, cela modifie les hypothèses actuelles du "patient zéro" de Covid19.
Merci pour le lien.
Je comprends vos questions et vos interrogatoires. C'est une des raisons pour lesquelles l'analyse phylogénétique est si intéressante, elle nous permet de dépasser les types d'interrogations illustrées dans l'article : notez que grâce à la phylogénie, la naissance du SRAS-Cov-2 est chronométrée comme ayant lieu entre le 6 octobre 2019 et le 11 décembre 2019, dates qui sont donc compatibles avec l'hypothèse de "peste mal diagnostiquée".
Et probablement que de nouvelles analyses des patients atteints de la peste permettraient de confirmer ou de falsifier l'hypothèse, mais, si nous n'avons pas la réponse, la phylogénétique nous donne néanmoins un cadre de travail relativement certain.
En science, et surtout dans les relations internationales, nous avons très rarement accès à toutes les preuves, et la plupart du temps, il n'y a pas non plus de vérité qui existe et que l'on peut découvrir. Parfois, il y en a une, mais nous ne pouvons pas y avoir accès, parfois ce n'est tout simplement pas la bonne façon de procéder. Nous devons donc apprendre à vivre avec des hypothèses et des incertitudes et à trouver des moyens de les gérer au mieux (d'où la méthodologie des scénarios). Dans le cas spécifique de la naissance de COVID-19, il me semble que la phylogénie est un bon moyen d'obtenir les réponses dont on a besoin (au moins pour les questions que j'ai posées).
Dans le cas chinois, de nombreuses variables possibles, au-delà des variables biologiques, entrent en jeu, comme le fait que les fonctionnaires provinciaux aient peur d'être punis, ou simplement que les systèmes ne soient pas prêts à l'époque à enregistrer et à conserver les données, etc. et que les connaissances soient peut-être perdues à jamais. L'utilisation du modèle "intention et capacités" pourrait également être intéressante pour évaluer la dynamique des événements.
Je vous remercie. Je suis d'accord sur le fait que, sans connaître tous les faits, le mieux que l'on puisse faire est de tirer parti des méthodes que vous avez exposées pour accroître autant que possible la confiance dans des hypothèses particulières.
Les détails du traitement des cas de peste ont été effectivement publiés dans http://weekly.chinacdc.cn/en/article/id/d7876f39-9679-467b-a896-50e6451dcd73. Étant donné que le CDC a collecté tous les échantillons, il réclame à grands cris une simple analyse a posteriori des tests pour le Covid19. Les éléments les plus suspects des descriptions de traitement sont la résistance apparente des symptômes cliniques aux antibiotiques, et le fait que la bactérie de la peste elle-même n'a pas été directement observée. Si seuls des anticorps et des antigènes de la peste ont été observés, cela ne présente-t-il pas la possibilité que le patient (patient index A) ait déjà été exposé à la peste mais ne soit pas actuellement activement infecté ? Il est donc possible que les symptômes aient été provoqués par un agent pathogène distinct et actuel qui n'est pas affecté par les antibiotiques, par exemple d'origine virale comme Covid19. Il faudrait au moins demander aux CDC s'ils ont testé les échantillons capturés pour le Covid19. Tous les contacts suivis ayant été libérés le 21 novembre au plus tard, et la propagation asymptomatique constituant une menace importante, ces cas doivent être définitivement confirmés ou réfutés.
Hélène, un grand merci pour votre réponse rapide. J'enquête sur le cas d'une personne qui a potentiellement souffert de Covid19 pendant plus de 20 semaines et qui a montré une grande variété de symptômes physiques et mentaux, qui sont allés et venus au cours de la période, mais qui ont laissé le patient avec des dommages multiples aux organes, en particulier en ce qui concerne les risques élevés de coagulation, l'hypertension et la viscosité élevée du plasma qui continue à s'accumuler. Curieusement, si l'on examine les analyses de sang au fil du temps, les paraprotéines sont préoccupantes, de même que les taux élevés d'IgA, une éosonophilie importante, un D Dimer supérieur à la normale et les sérums détectés Kappa, Lamda et un neutrophile de gauche .... ont été identifiés. Une partie ou la totalité de ces résultats peuvent-ils s'expliquer par une exposition virale ou recommanderiez-vous une autre voie d'investigation ?
Cher Nicola, tu es le bienvenu !
Juste pour être sûr, je voudrais souligner à nouveau que je suis un docteur en relations internationales (sciences politiques) et non un docteur en médecine :). Mes recherches impliquent donc de s'appuyer sur un vaste éventail de recherches scientifiques multidisciplinaires pour obtenir une compréhension suffisamment bonne de la situation épidémiologique afin de pouvoir ensuite comprendre si les mesures politiques impliquent plus ou moins de risques de propagation de la pandémie et de conséquences en termes politiques. Ainsi, ce que je fais n'implique pas du tout un avis médical. Au vu de vos questions, il me semble qu'un virologue serait la personne qualifiée avec qui parler ? Je suis désolé de ne pas pouvoir vous aider davantage.